Dolnopočernický kostel je nejstarší stavbou v Dolních Počernicích. Stojí na svém místě zhruba 800 let. Kolem roku 1200 se tehdejší vlastník osady, nad brodem přes Rokytku, rozhodl postavit u svého, dosud zřejmě dřevěného sídla, vlastnický kostel. Nelze ovšem vyloučit, že kamenný kostelík nahradil na stejném místě, starší dřevěnou církevní stavbu. Vzácností je, že se nejstarší kamenný kostelík dochoval téměř vcelku, ve dvou třetinách půdorysu nynější stavby, dodnes. Měl pravoúhlý závěr (který se nazývá také kněžiště nebo presbytář), ke kterému se připojovalo obdélné jednolodí. Nad závěrem si lze představit klenbu podobnou dnešní lodi, kterou překrýval trámový strop nebo byla otevřena přímo do krovu. Neodmyslitelnou součástí románského vlastnického kostelíka byla západní tzv. panská tribuna, na kterou vstupoval počernický pán se svou rodinou, obvykle po dřevěné lávce přímo z přilehlého sídla. Zatímco vnitřek kostelíka byl omítnutý, vybílený, a možná zdobený výmalbou, na jeho vnějšku se uplatňovaly řady režných pískovcových kvádrů. Ve které době byl kostelík postaven, není známo. Starobylé zasvěcení Panně Marii i jeho jednoduchý půdorys by mohly svědčit o 2. pol. 12. století. Nelze ovšem vyloučit, že vyrostl o málo později za účasti stavební hutě, budující mezi lety 1226-1236 pro pražského biskupa Jana II. kostel sv. Bartoloměje v blízkých Kyjích.
Ve společném zděném hrazení zůstal počernický kostel zřejmě i ve 14. století, ve kterém se sousední feudální sídlo proměnilo v kamennou tvrz vrcholného středověku. Kostelní loď byla v té době prodloužena na dnešní půdorys. Důvodem byl zřejmě rostoucí počet osadníků a poddaných při sídle a dvorci. Kostel byl tehdy v souvislosti s přístavbou, patrně již celý omítnutý, románskou panskou tribunu nahradila nová tribuna gotická. Pozdní gotika se, po husitských válkách, přihlásila další velkou proměnou kostela, když vztyčila při jeho severním boku dnešní dominantu obce, mohutnou věž z lomového kamene. Po přestavbě sousední tvrze, při níž zanikla její starší věž, získala nová kostelní věž i funkci útočiště místního pána a obránců, v době nebezpečí a konfliktů.
Existence raně barokních bočních oltářů souvisí s opravami kostela koncem 17. století. V roce 1734 byl do věže umístěn velký zvon o váze 290 liber (asi 150 kg) za 180 zlatých od zvonaře Zachariáše Ditricha z Prahy. V roce 1743 byl zakoupen dnešní hlavní oltář, který stál 275 zlatých. Roku 1794, ve kterém se po baroku prosazuje klasicismus, byla kostelní věž zvýšena o další zděné patro a opatřena novou helmicí s lucernou. Téměř současně se připomínají i věžní hodiny. Nové varhany na kostelní kůr, někdejší panskou tribunu, byly instalovány v roce 1848. Když roku 1855 statek Dolní Počernice zakoupila paní Elisabeth von Dercsenyi, začala ihned obnovovat a opravovat zámecké a hospodářské objekty, a v roce 1862 došlo i na zdejší kostel. Renovace kostela byla provedena v roce 1865 stavitelem Hofmanem z Vysočan a stála 8 000 zlatých.
Větší úpravy interiéru kostela se realizovaly v roce 1904, týkaly se však převážně jen nové výmalby, přičemž se zjišťovalo, nejsou-li pod omítkou staré fresky. Příliš vysoká mřížka před oltářem byla nahrazena nižší dřevěnou s kuželkami, a v klenbě sakristie v podvěží, se prorazil otvor pro provaz umíráčku (za který se do té doby tahalo venku před vstupem do kostela). V roce 1911 se opravovala kostelní dlažba, kříž s makovicí na věži byl nově pozlacen dvojitým dukátovým zlatem a na střechu byla dána nová břidlice. Poslední renovace pláště kostela byla opět poněkud nešetrná k dochovaným historickým detailům.
V dubnu roku 2003 byl uložen dopis České Křesťanské akademie, podepsaný E. Šittlerem a F. D. Lehnertem, v němž se připomíná nutnost sledovat, při škrábání omítek, eventuální nálezy fresek ze 13. století.
V roce 2010 bylo započato s odkrýváním nástěnných maleb na východní stěně presbytáře a na přilehlých stěnách, které dnes mohou návštěvníci kostela zhlédnout. Jejich podrobný a obsáhlý popis je možno nalézt v publikaci „Nástěnná středověká malba ve Středních Čechách“ (kolektiv autorů, Národní památkový ústav, 2011.)
Barokní oltář, který byl doposud dominantou interiéru kostela, byl kompletně restaurován a umístěn v roce 2013 v obci Velíz u Kublova do kostela Narození sv. Jana Křtitele. Oltář byl přemístěn kvůli restaurovaným freskám, aby je nezakrýval, a navíc jeho barevnost, po rekonstrukci kostela, nekorespondovala s ostatním vybavením kostela. Oltář je stále majetkem farnosti v Dolních Počernicích. Do kostela v obci Velíz byl jen zapůjčen.
V poslední době se vždy v květnu každého roku koná i v dolnopočernickém kostele Noc kostelů, v rámci, které si kostel mohou prohlédnou zájemci z široké veřejnosti.
